一、上部循環過濾（上濾） 這是較常見的過濾方式，大多數成品缸配套的是這種過濾方式。在魚缸頂部靠近燈管位置有一過濾槽，在過濾槽內可以放置過濾棉、活性炭、玻璃環等，潛水泵將水抽入過濾槽，再由過濾槽底部的出水口流回到水族箱內。上部過濾器的優點是清洗方便，當過濾材料很臟時，可以很方便地取出進行清洗。
二、內置式過濾（沉水式過濾器） 內置式過濾由潛水泵與過濾槽直接連接在一起，沉在水中，在過濾槽內有一塊卷筒狀的過濾棉纏繞在一個漏網的圓柱上，在圓柱的內部有許多生物球，便于硝化菌的附著。內置式過濾器的優點是聲音輕，水流方向可以根據需要進行調節，適應以水草為主的水族箱用。內置式過濾器的出水口有下個連接二氧化碳的入氣口，二氧化碳可以經過此口進入水中，二氧化碳經過水流的沖擊，可以很均勻地分散到水族箱的每個角落，被水草吸收。
三、底沙過濾 用一層較厚的細沙將相連通的、管身鋸有細小裂紋的水管埋在缸底，水流在水泵的吸力下經過細沙過濾進入沙底的水管，再被抽至水族箱的上層水面，這種過濾方式常被用在草缸中。其優點是初期比較美觀，但因魚餌、魚便積壓在沙中無法及時清除，時間長了沙易變黑，積壓的有機質、氨氮等超過了硝化系統的處理能力，造成魚缸水質日益惡化而魚病不斷，整缸清潔時也很麻煩。
四、底缸過濾 在放置魚缸的桌下有一盛放濾材的小缸，小缸被分成幾格以放置不同濾材，水從缸頂溢下，經過濾材后再被抽回缸內。因盛放濾材的空間大，所以硝化過濾功能強，比較適合飼養中、大型魚，且清潔、更換濾材便利。但對水泵的功率要求較高，功耗大且噪音較大。
五、背濾/側濾 在魚缸的背部或側部用玻璃隔出一部分做過濾，其內部分成幾小格用于放置濾材（或過濾設備）和循環泵，一邊設有溢流口，當水泵把水從過濾部分抽向魚缸時，魚缸溢出的水通過溢流口流入過濾部分的首格，在隔板的引導下“從上到下”或“從下到上”流經各種濾材，水從尾格通過水泵再次送入魚缸，如此循環。其缺點是擠占了魚缸空間，影響視覺效果，清潔、更換濾材比較麻煩。
六、氣舉生化棉過濾器 這種氣舉生化棉過濾器是在大型魚缸飼養過程中，比較受歡迎的一種過濾方法。通過將利用生化棉把水泵與缸底進行連接，然后靠水中氣體的流動來促進水的循環，將水中的殘余餌料、生物排泄物等有機物質，吸于海綿體表。
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